Polymorphisms and haplotypes of the myostatin gene associated with growth in juvenile red sea bream Pagrus major

Polymorphisms of the myostatin gene (MSTN) have been studied in vertebrates including several aquaculture species, revealing their role in growth. We attempted to identify polymorphisms in MSTN associated with growth traits of juvenile farmed red sea bream Pagrus major, an important cultured fish species in Japan. Polymorphisms in the coding region of MSTN were screened, and six polymorphisms were found among three exons: a deletion in exon 1, a single nucleotide polymorphism (SNP) in exon 2 and four SNPs in exon 3. The deletion in exon 1 eliminated a codon (glutamine) from the region comprising the polyglutamine structure, but all SNPs were synonymous. We analysed the polymorphisms for association with growth phenotype in large and small P. major specimens obtained from commercial production at 50 days post hatching. Two SNPs located in exon 3 (c.+846T>C and c.+1140T>C) were significantly more frequent in the large group, while no SNPs were significantly associated with the small phenotype. Haplotypes were reconstructed using genotype information of the two phenotype groups, and nine haplotypes (Hap_1 to Hap_9) were successfully reconstructed. Hap_6 and Hap_7 were significantly more often observed in small and large groups respectively. Analysis of diplotypes (haplotype combinations) of individual specimens revealed 19 diplotypes. The Hap_7/Hap_7 diplotype was found in 46.7% of large phenotype specimens, significantly more frequently than in the small group (13.5%). These results will be useful for marker‐assisted selection of red sea bream to improve production with respect to growth.     

三角褐指藻作为饲料蛋白质的开发前景研究

三角褐指藻是一种单细胞蛋白,蛋白质含量丰富,质量好,动物易消化,并且三角褐指藻容易培养,生长速度快。本文旨在通过测定藻液中的主要营养指标蛋白质的变化,探讨三角褐指藻藻液的采收,研究三角褐指藻作为蛋白质饲料添加到饲料中的可能性,为饲料蛋白质提供新的来源。     

单核苷酸多态性及其在海洋动物遗传研究中的应用

单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms,SNPs）是基因组水平上单个核苷酸变异所引起的DNA序列多态性,是继限制性片段长度多态性、微卫星标记之后的第三代分子标记。最初SNPs主要应用在人类重要疾病的关联性研究中,随着检测技术不断提高以及各种生物SNP数据库的不断完善,其逐渐被应用于遗传图谱的构建、群体遗传学、亲缘关系、关联分析和基因功能分析等方面。文章主要介绍了SNPs的发生、特点及常用检测方法,综述了SNPs在海洋生物遗传学中的研究进展,以期将SNPs更好地应用到海洋经济动物遗传育种中。     

基于EST序列的鲤鱼生长相关SNP发掘

以本研究室454测序获得的EST序列和公共数据库中下载的共255,768条鲤鱼EST序列为源序列,鉴定出与生长相关的EST序列5,375条;采用QualitySNP软件,在31个EST重叠群中检测到69个可信度高的与生长相关的SNP,SNP发生频率为0．29／100个碱基。其中包括转换型35个,颠换型30个和缺失型4个。非同义SNP为46个,同义SNP为23个,二者比值为2．0。对所鉴定的SNP进行注释表明,这些包含SNP的生长相关基因归为20类,数量最多的为血纤维蛋白溶酶原基因4个、其次是载脂蛋白基因和磷酸甘油醛脱氢酶基因分别为3个。本研究所开发的SNP将促进鲤鱼生长性状的分子基础研究,为鲤鱼分子育种服务。     

两种黄盖鲽线粒体DNA部分片段比较分析

比较分析了钝吻黄盖鲽（Pleuronectes yokohama）和尖吻黄盖鲽（P. herzensteini）线粒体基因组COI、Cyt b基因以及D-Loop片段总长度为1373 bp的核苷酸序列,两种间共检测到107处核苷酸替换,蛋白质编码基因上的核苷酸替代主要是第三密码子位点上的同义替换。核苷酸组成分析结果表明：三个目的片段的鸟嘌呤（G）含量普遍较低,在两个蛋白编码基因第三密码子位点上表现得尤为明显。两种黄盖鲽在线粒体基因组不同片段上存在明显的遗传分化,核苷酸替代速率最快的是D-Loop,COI和Cyt b核苷酸替代速率基本一致。建议在进行黄盖鲽属鱼类分子系统发育研究时,应该针对不同研究目的选择合适的分子标记。基于Cyt b基因片段序列的分析结果表明：钝吻黄盖鲽和尖吻黄盖鲽两种的分岐时间约为200万年,两种间的分化事件发生在更新世（Pleistocene）。     

文蛤内脏产气荚膜梭菌毒素基因的PCR检测

用细菌学方法分离并初步鉴定文蛤内脏中的产气荚膜梭菌,PCR方法检测分离菌株的α、β、ε、ι、β2和肠毒素等产气荚膜梭菌毒素基因,PCR扩增片段克隆后进行核苷酸序列测定,然后与GenBank相应毒素基因的核苷酸序列进行同源性比较;分离菌株α毒素全长基因克隆、测序后与不同来源分离株进行同源性比较;检测内脏产气荚膜梭菌阳性的蛤肉组织中的α毒素基因以判定食品安全性。结果表明,文蛤内脏产气荚膜梭菌分离率为71％,69％的分离菌株为C型,31％的为A型,两种毒素型均能扩增出特异性β2条带及肠毒素条带,检出基因与GenBank相应毒素基因的同源性在98％以上;蛤肉组织α毒素基因检测结果为阴性。文蛤内脏分离菌株α毒素全长基因与不同来源分离株的同源性为98.64％～99.58％。本研究首次在文蛤内脏检出产气荚膜梭菌的毒素基因,对水产动物产气荚膜梭菌的进一步研究及人类的食品安全有一定的指导意义。     

大口黑鲈内含子1上SNP G208A的CRS-PCR检测方法

创造限制酶切位点PCR法是应用引物错配技术结合单核苷酸多态性（SNP）而配合成一个酶切位点,使SNP可用于PCR—RFLP分析的一种方法。应用CRS—PCR技术检测了大口黑鲈（Micropterus salmoides）IGF—I基因内含子1上SNPG208A的多态性,并详述了CRS—PCR错配引物的设计方法,CRS—PCR引物设计和应用的注意事项,以促进CRS—PCR单核苷酸多态检测方法在水产动物研究领域的应用。     

地表土壤湿度和植被状况的监测及其与沙尘暴发生的关系探讨

利用NOAA/AVHRR数据,采用单时相乘积法计算土壤湿度,采用NDVI指示地表状况,利用地表土壤相对湿度旬平均值、NDIV旬平均值、风速以及三者的综合值与实测的沙尘暴旬数据,定性和定量分析了中国北方地区土壤湿度、植被覆盖、风速与沙尘暴发生的关系,结果表明风速是影响沙尘暴发生的关键因素,与沙尘暴发生成正比;土壤相对湿度与地面植被在一定程度上影响了沙尘暴的发生,与沙尘暴的发生成反比;由平均风速、土壤相对湿度和NDVI组成的综合因子与沙尘暴发生次数及能见度的相关性高于风速与后二者的相关性,因此综合因子具有指示和监测沙尘暴发生的潜力。     

斑节对虾Sox基因HMG盒的PCR扩增及SSCP分析

SRY基因是人类及哺乳动物睾丸决定因子的最佳候选基因,HMG盒是SRY基因编码蛋白质的唯一功能区,在性别决定中极其重要且高度保守,许多进化程度上明显不同的物种中都能检测出SRY基因的HMG盒,即Sox基因。斑节对虾是一种重要经济虾类,其性别决定机制研究薄弱,至今未找到性染色体。本研究根据人的SRY基因的HMG盒保守区的核苷酸序列,设计了1对兼并引物,通过PCR扩增出斑节对虾的Sox基因,并对扩增产物进行SSCP分析。结果表明,斑节对虾雌雄个体均存在Sox基因,从雌雄个体中均扩增出约350bp和220bp两条基因片段,推测其中350bp片段含内含子,SSCP结果显示斑节对虾内存在Sox基因家族的不同成员,且雌雄存在差异最后我们讨论了对虾性别决定可能的机制。     

嵌入式USB主机接口在温室环境监控中的应用研究

为了满足温室环境监控中大量信息存储的需要,研究了基于嵌入式USB主机接口的数据存储技术。该技术以51系列单片机为核心器件,嵌入了主/从双工作模式USB接口芯片SL811HS,并根据USB1.1协议和U盘文件系统格式,编制了USB接口驱动程序和数据存储应用程序。把该技术集成到自主开发的温室环境监控系统中进行了应用,实现了对目前市面上通用的64M、128M容量U盘的读写操作,解决了海量数据的存储问题。如果对驱动程序和应用程序做适当的修改,还可通过USB主机接口实现对USB接口打印机、USB接口扫描仪等外设的控制。结果表明,该数据存储方案具有成本低、通用性强、可扩展性强、可靠性高等特点,可方便地集成到各种监控系统中,从而满足用户的不同需要。